Pela nova sistemática de substituição tributária, alguns segmentos de empresas passaram a ter a cobrança do ICMS diretamente do fabricante ou do atacadista, e não mais no ponto de venda. A substituição tributária permite ao Estado determinar a retenção do ICMS, na fábrica ou no importador, calculado como se fosse devido a partir da venda ao consumidor final. A polêmica sobre a nova forma de tributação acontece por que, no período de adaptação a essa nova matriz de cobrança, empresários que comercializam os produtos que passaram ao novo regime – como o caso de colchões, cosméticos, perfumaria, artigos de higiene pessoal e de toucador- questionam o pagamento do imposto sobre o estoque adquirido anteriormente. Outro ponto de destaque se dá no caso de as MPEs participantes do Simples e que não geram crédito ao comprador, ou seja, as empresas quando compram produtos de uma MPE não têm direito a gerar o crédito sobre o imposto embutido na venda.